Đoan Môn nằm ở phía nam, trên đường thẳng cùng với Kỳ đài và điện Kính Thiên được gọi là trục thần đạo, trục linh thiêng và trung tâm nhất của Hoàng thành Thăng Long xưa.
Đoan Môn Là một trong những cổng chính dẫn lối vào Cấm thành, nơi có chính điện Kính Thiên và các cung điện khác của nhà vua. Từ thời Lý đã có cổng thành ở đây, nhưng căn cứ vào vật liệu xây dựng và phong cách kiến trúc hiện còn của di tích, có thể khẳng định Đoạn Môn hiện nay được xây dựng được xây dựng vào thời Lê và được tu bổ sửa sang vào thời Nguyễn. Đoan Môn được xây theo phương ngang có cấu trúc hình chữ U theo lối tường thành cổ với 5 cổng thành được dựng cuốn vòm bằng gạch vồ và đá một cách công phu. Cửa chính giữa rộng nhất là nơi dành cho nhà vua, bốn cửa nhỏ hơn dành cho các quan, lính và thành viên Hoàng tộc.
Trong quan niệm phương Đông, hướng Nam là hướng tốt cho phong thủy, cho sức khỏe, cho sự hưng thịnh và trường tồn của một quốc gia. Vì thế, Đoan Môn được coi là cổng có vị trí rất quan trọng trong các thời kỳ phong kiến. Đây cũng là khu vực diễn ra nhiều hoạt động mang tính nghi lễ của Hoàng thành với sự tham gia của nhà vua từ trên tầng 2.